Чешский терьер, также как и бедлингтон-терьер, рождается темным, черным или темно-коричневым, отметины соответственно стандарту допустимы. В возрасте двух-трех месяцев у него появляется длинная и более или менее волнистая шерсть. У черно окрашенных особей шерсть приобретает буроватый оттенок и у корней волос она светлее. Коричневая шерсть у корня также более светлая. Шерсть чешского терьера оформляется стрижкой, причем следует учитывать время года или необходимость защиты тела собаки при работе. Первая стрижка щенка проводится в возрасте 3-4 месяцев. Шерсть можно стричь обыкновенными ножницами, потому что вызванные стрижкой "ступеньки" положительно влияют на желательную волнистость новой шерсти.
Стрижку лучше всего начинать от конца хвоста и затем двигаться по спине и бокам туловища по направлению к голове. Хвост и вокруг анального отверстия следует остричь коротко. Удлиненная шерсть на ногах и на нижней части живота оставляется в натуральной длине и укорачивается лишь в том случае, если она чересчур длинна или, если это диктуется эксплуатационными соображениями. Шерсть на животе не должна быть чрезмерно длинной и ее длина регулируется так, чтобы туловище собаки было цилиндрической формы.
Грудь спереди и горло нужно остричь совсем коротко, также как голову и уши. На голове следует оставить сравнительно длинные брови (предохраняющие глаза). На верхней и нижней челюстях (т. е. на лицевой части головы) оставить бороду, которая не должна быть чрезмерно длинной, и придать голове кирпичеобразную форму. Нижняя челюсть подстригается по направлению от горла к уголку рта.
Новая шерсть отрастает до выставочной кондиции в течение 1,5-2 месяцев, но в скорости отрастания шерсти существуют индивидуальные различия. После стрижки черные и коричневые чешские терьеры имеют уже более светлый окрас. Оттенок окраса шерсти может быть различным. Встречаются собаки светлые и даже серебристые и сравнительно темные серовато-синие собаки. Некоторые утрачивают интенсивность пигментации быстрее, некоторые же очень медленно и становятся серовато-синими в возрасте двух и более лет. Светлые особи бывают светлее и в молодом возрасте.
Зимой или в период плохой погоды чешские терьеры могут оставаться нестриженными. Интересно, что качество шерсти (волнистость, структурность) тем лучше, чем чешский терьер старше.
Для стрижки можно пользоваться также машинкой, если она имеется, только стричь ею нужно по шерсти - от головы к хвосту, в противоположном направлении, чем было рекомендовано при использовании ножниц.
Обработка шерсти стрижкой в сравнении с иными способами, например триммингом, имеет свои преимущества, так как владелец собаки может оформить внешность своего воспитанника когда ему это удобно или необходимо, хотя бы за несколько часов до выставки. Разумеется, в этом случае собаку следует стричь не коротко, а в соответствии с требованием стандарта.
Перед выставкой чешского терьера можно выкупать и перед выходом на ринг шерсть на туловище и на голове следует обтереть сырой тряпкой против направления ее роста, от хвоста к голове. Таким образом ей придается правильная форма. Бороду и удлиненную шерсть на туловище и ногах нужно причесывать металлическим гребнем (на ногах и животе сверху вниз, бороду и брови - вперед).